Madre Petra muere el 16 de agosto de 1906 en el Santuario de San José de la Montaña de Barcelona donde es venerada por una multitud de fieles.
El 23 de julio de 1936, en los primeros días de la Guerra Civil, el Santuario fue saqueado e incendiado en parte.
Terminada la guerra, en abril de 1939, al volver las Madres al Santuario, se encuentran con que los restos de Madre Petra habían desaparecido, suponiendo que habían sido destruidos debido a las llamas.
Corría el año 1952 en Valencia, y Sor Soledad, recién profesa, que se dedicaba a cuidar enfermos a domicilio, se encontró con un caso difícil. Un hombre enfermo que rechazaba sus cuidados y la insultaba. Ella persevera y consigue que deponga su actitud, y llega a confesarle que es masón, y que comisionado por su logia, viajó a Barcelona en 1936 con la misión de hacer desaparecer los restos de Madre Petra, aprovechando la anarquía de los primeros días de la guerra. Su fama les molestaba demasiado. Sin embargo, no destruyeron sus restos, sino que los llevaron a un campo próximo al pueblo valenciano de Puzol, y allí los enterraron.
Comunicado a las autoridades, se encomendó la investigación a un tribunal eclesiástico el cual, tras dos años y medio, acompañado de médicos, profesionales en la materia y testigos oculares, consiguió localizar el lugar exacto.
El 15 de julio de 1983 se procedió a la excavación para la supuesta exhumación, cumpliéndose todos los pronósticos cuando, después de casi dos horas, apareció el primer hueso, completándose poco más tarde el resto.
Así, el 11 de mayo de 1984 se firma, oficialmente, el documento en el que se declara que los restos hallados en el campo cercano a Puzol son realmente los de Madre Petra de San José Pérez, fundadora de la Congregación de Madres Desamparadas y San José de la Montaña.
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